【終盤】ミナモシティ〜サイユウシティ
おくりびやま
おくりびやまはサファリゾーンのあるあたりから南下することで行くことができます。
おくりびやま内部一階にいるおばあさんからきよめのおふだをもらえます。
頂上にいくとアクア団員がいて、倒しつつ奥に行くとアオギリがいてべにいろのたまを持っていきます。
頂上にいるおばあさんからマグマのしるしをもらえます。
□どうぐ
ハイパーボール
シルバースプレー
わざマシン30（シャドーボール）
のんきのおこう
うしおのおこう
・外部
わざマシン48（スキルスワップ）
まんたんのくすり
マグマだんアジト
デコボコさんどうの途中でマグマのしるしに反応してマグマだんアジトへの入り口が開きます。
奥にいるマツブサがあいいろのたまを使うとグラードンがどこかに行ってしまいます。
そのあと、マツブサとバトル。
□どうぐ
かいふくのくすり
ピーピーマックス
ふしぎなアメ
ポイントマックス
きんのたま
げんきのかたまり
あなぬけのヒモ
カイナシティ
ふなのりばの前に行くとクスノキかんちょうが取材を受けています。
そこにアクア団が現れ潜水艦を奪われてしまいます。
アクアだんアジト
アクアだんアジトはミナモシティにあります。
奥にいる幹部のウシオを倒しましょう。
□どうぐ
ピーピーマックス
きんのたま
マスターボール
ネストボール
トクサネシティ
外にいる人からおうじゃのしるし、民家ですごいつりざおをもらうことができます。
うちゅうセンターでは船乗りがたいようのいしをくれます。
ひとまずはジムに挑み、そのあとうちゅうセンターのロケット燃料をねらうマグマ団を倒すことになります。
マグマ団を倒したらダイゴの家で、ひでんマシン08（ダイビング）をもらえます。
□どうぐ
ネットボール
□ポイント
・ばくれつパンチを教えてくれる人がいます。
□ジム戦
フウ、ランのポケモン
ネイティオLv41、ネンドールLv41、ルナトーンLv42、ソルロックLv42
倒すとわざマシン04（めいそう）をもらえます。
かいていどうくつ
128ばんすいどうでダイビングを使って海中から進入します。
奥にいるアオギリを倒すと、べにいろのたまが勝手に発動してカイオーガがどこかに行ってしまいます。
□どうぐ
わざマシン26（じしん）
ルネシティ
グラードンとカイオーガがにらみ合っています。
ダイゴに話しかけるとめざめのほこらに連れていかれます。
めざめのほこら奥にいるミクリに話しかけるとそらのはしらに行くことになります。
そらのはしら
そらのはしらは131ばんすいどうにあります。
最上階にレックウザがいて近づくとルネシティへ飛んでいきます。
ルネシティ
レックウザ登場でグラードンとカイオーガが鎮まります。
そのあと、ミクリに話しかけるとひでんマシン07（たきのぼり）をもらえます。
民家でわざマシン31（かわらわり）、ホエルコドールをもらえます。
また、外にいる女の子キリから、一日2個きのみをもらえます。
□ジム戦
アダンのポケモン
ラブカスLv41、ナマズンLv41、トドクラーLv43、シザリガーLv43、キングドラLv46
倒すとわざマシン03（みずのはどう）をもらえます。
□ポイント
・ポケモンセンターにすてみタックルを教えてくれる人がいます。
サイユウシティ
たきのぼりがないと入ることができません。
チャンピオンロードに備えて十分準備をしておきましょう。
チャンピオンロード
強力なトレーナーが数多くいます。
また、地下は暗いのでフラッシュが必要で、他にかいりき、いわくだき、なみのりも必須です。
途中、成長したミツルとのバトルもあります。
□どうぐ
・1階
ピーピーマックス
ポイントアップ
・地下1階
かいふくのくすり
わざマシン29（サイコキネシス）
・地下2階
なんでもなおし
サイユウシティ
チャンピオンロードを抜けるといよいよポケモンリーグです。
してんのうとの4連戦、そしてチャンピオンとの戦いが繰り広げられます。
□してんのう戦
カゲツのポケモン
グラエナLv46、ダーテングLv48、ノクタスLv46、シザリガーLv48、アブソルLv49
フヨウのポケモン
サマヨールLv48、ジュペッタLv49、ヤミラミLv50、ジュペッタLv49、サマヨールLv51
プリムのポケモン
トドクラーLv50、オニゴーリLv50、トドクラーLv52、オニゴーリLv52、トドゼルガLv53
ゲンジのポケモン
コモルーLv52、チルタリスLv54、キングドラLv53、フライゴンLv53、ボーマンダLv55
□チャンピオン戦
ミクリのポケモン
ホエルオーLv57、ドククラゲLv55、ルンパッパLv56、ナマズンLv56、ギャラドスLv56、ミロカロスLv58