【終盤】グレンじま〜セキエイこうげん
グレンじま
・ポケモン屋敷に入り、「ひみつのカギ」を入手する。
□ポイント
・研究所で化石ポケモンの復元をすることができます。「カイのカセキ」、「コウラのカセキ」、「ひみつのコハク」があれば復元してくれます。
・研究所にいる研究員に話しかけると「わざマシン35（ゆびをふる）」をもらえます。
ポケモンやしき
・グレンジムに入るため「ひみつのカギ」を入手する。
□どうぐ
【1階】
あなぬけのヒモ
インドメタシン
【2階】
リゾチウム
【3階】
ブロムへキシン
まんたんのくすり
【地下1階】
わざマシン14（ふぶき）
わざマシン22（ソーラービーム）
ふしぎなアメ
かいふくのくすり
ひみつのカギ
グレンじま
・「ひみつのカギ」を使いグレンジムに入り、ジムリーダーのカツラとのバトル。
□ジム戦
カツラのポケモン
ガーディLv42、ポニータLv40、ギャロップLv42、ウインディLv47
倒すと「わざマシン38（だいもんじ）」をもらえます。
トキワシティ
・ジムリーダーのサカキとのバトル。
□どうぐ
げんきのかけら（ジム内）
□ジム戦
サカキのポケモン
サイホーンLv45、ダグトリオLv42、二ドクインLv44、ニドキングLv45、サイドンLv50
倒すと「わざマシン27（じわれ）」をもらえます。
□ポイント
・トキワジムにはカツラを倒したあと、入れるようになります。
22ばんどうろ
・再びライバルとバトル。
□ライバル戦
ライバルのポケモンはこちらがはじめに選んだポケモンによって変わり、
・フシギダネを選んだ場合、ピジョットLv47、サイホーンLv45、タマタマLv45、ギャラドスLv47、フーディンLv50、リザードンLv53
・ヒトカゲを選んだ場合、ピジョットLv47、サイホーンLv45、ガーディLv45、タマタマLv47、フーディンLv50、カメックスLv53
・ゼニガメを選んだ場合、ピジョットLv47、サイホーンLv45、ギャラドスLv45、ガーディLv47、フーディンLv50、フシギバナLv53
と変化します。
23ばんどうろ
□ポイント
・ジムバッジが一つでも足りないとチャンピオンロードに進むことができません。
チャンピオンロード
□どうぐ
【1階】
わざマシン05（メガトンキック）
わざマシン43（ゴッドバード）
ふしぎなアメ
【2階】
わざマシン17（じごくぐるま）
なんでもなおし
エフェクトガード
【3階】
わざマシン47（だいばくはつ）
げんきのかたまり
□ポイント
・岩をスイッチの上にのせて仕掛けを解除して進んでいきます。そのため、かいりきを使えるポケモンが必須です。
・途中に伝説のポケモン、ファイヤーがいます。
セキエイこうげん
・してんのうとチャンピオンとの5連戦。
□してんのう戦
カンナのポケモン
ジュゴンLv54、パルシェンLv53、ヤドランLv54、ルージュラLv56、ラプラスLv56
シバのポケモン
イワークLv53、エビワラーLv55、サワムラーLv55、イワークLv56、カイリキーLv58
キクコのポケモン
ゲンガーLv56、ゴルバットLv56、ゴーストLv55、アーボックLv58、ゲンガーLv60
ワタルのポケモン
ギャラドスLv58、ハクリューLv56、ハクリューLv56、プテラLv60、カイリューLv62
□ライバル戦
ライバルのポケモンはこちらがはじめに選んだポケモンによって変わり、
・フシギダネを選んだ場合、ピジョットLv61、フーディンLv59、サイドンLv61、ナッシーLv61、ギャラドスLv63、リザードンLv65
・ヒトカゲを選んだ場合、ピジョットLv61、フーディンLv59、サイドンLv61、ウインディLv61、ナッシーLv63、カメックスLv65
・ゼニガメを選んだ場合、ピジョットLv61、フーディンLv59、サイドンLv61、ギャラドスLv61、ウインディLv63、フシギバナLv65
と変化します。