【バトルタワー】
バトルタワーでは、シングルバトルルーム、ダブルバトルルーム、マルチバトルルーム、Wi-Fiバトルルームの4つに挑むことができます。
Lv50までのポケモンだけが出場でき、50よりも高い時はバトルタワーでの勝負の間だけ50に引き下げられます。
一部ポケモン（ディアルガ、パルキアなど）を除きほとんどのポケモンが出場できます。
ただし、同じ種類のポケモンを2体以上参加させることはできません。
また、複数のポケモンに同じ道具を持たせることもできません。
シングルバトルルーム
21戦目にタワータイクーンのクロツグが登場します。
・クロツグのポケモン
ドサイドン、カイリュー、ミロカロス
勝利すると参加したポケモンにアビリティリボンをつけてもらえます。
20連勝でどうのトロフィーをもらえます。
49戦目にタワータイクーンのクロツグが登場します。
・クロツグのポケモン
ヒードラン、レジギガス、クレセリア
勝利すると参加したポケモンにグレートアビリティリボンをつけてもらえます。
50連勝でぎんのトロフィーをもらえます。